No início do segundo semestre de 2003, alguns pais, que faziam parte do CPM, ficaram sabendo da forte ameaça de encerramento das atividades do Colégio Mutirão em São Marcos, ao final daquele ano letivo.
O principal motivo seria uma grande dificuldade financeira enfrentada pelos proprietários do grupo Mutirão, devido ao número insuficiente de alunos matriculados.
Assim o grupo de pais começou a avaliar alternativas para viabilizar a permanência da escola. após analisar várias alternativas, decidiu-se pela criação da Assemarcos: Associação Educacional São Marcos.
No dia 4 de outubro de 2003, nas dependências da escola, foi fundada oficialmente, a Assemarcos.
Foram propostas muitas mudanças, muitos projetos, muitas expectativas. Eram pais sem experiência em administração escolar e tudo o que queriam era manter uma escola particular de qualidade em São Marcos.
A busca por uma diretora que representasse estes anseios foi dura. A solução estava dentro da própria escola: aprofessora Nicéia Borghetti Sbabo, licenciada em Matemática e que, na ocasião, era professora da terceira série do ensino fundamental e de Matemática para o ensino médio. Sua competência e dedicação foi fundamental para o alcance dos objetivos da escola.
Nicéia permaneceu como diretora até 2008, quando Márcia Carnino assumiu a direção.
A maioria dos projetos continuaram sendo desenvolvidos ela Assemarcos e principalmente o que havia sido proposto anteriormente: ensino de qualidade, cumprindo o objetivo da proposta pedagógica da escola baseada em promover a criatividade, responsabilidade, integridade e afetividade.
